bol jedným zo zakladateľov Verejnosti proti násiliu v roku 1989. V rokoch neslobody bol odporcom totalitného režimu a pôsobil v prostredí politickej opozície. Bol autorom a vydavateľom politických, kultúrnych a ochranárskych samizdatov. Spolupracoval s Chartou 77 a poľskou Solidaritou. Organizoval tzv. zakázané univerzity, nezávislé kultúrne a ekologické aktivity. V roku 1980 založil prvý občiansky orientovaný samizdat na Slovensku, periodikum KONTAKT. Spolupracoval s tajnou cirkvou a občianskymi iniciatívami ako napr. VONS (Výbor pre obranu nespravodlivo stíhaných), alebo KOR (poľský Komitét obrony robotnika).
Prenasledovaný režimom bol v rokoch 1971 – 1989. Väčšinu tohoto obdobia mal zakázané cestovať, bol často vypočúvaný a viac krát väznený. Po vylúčení z vysokej školy (mat.-fyz.) pracoval ako kurič (1976 – 1989).
V 70. rokoch sa Ján Budaj venoval organizovaniu nezávislej kultúry a voľnej tvorbe, založil umeleckú skupinu DG a skupinu „Dočasná spoločnosť“. Pred tým, než ho začala prenasledovať ŠtB, pracoval ako fotograf a asistent kamery (v STV) .
V umeleckej tvorbe sa Ján Budaj orietoval na vizuálne a akčné umenie. V dobe neslobody vystavoval ilegálne alebo v zahraničí.
Od roku 1980 bol Ján Budaj aktivistom a organizátorom nového, ekologického prúdu občianskej opozície.
Jeho prvým prejavom bol zápas o uchovanie historických cintorínov (1980 – 1981), po ktorom nasledovali desiatky ďalších protestov a ochranárskych iniciatív, neustávajúcich až do novembra 1989.
Aktivity ochranárov, ktoré koordinoval Ján Budaj, vyvrcholili vydaním dokumentu Bratislava/nahlas v septembri 1987 . Kritizoval stav kvality života v hlavnom meste, ale aj neschopnosť a skostnatenosť režimu. Dokument B/n a jeho autori zohrávali na Slovensku pred novembrom ´89 aj počas jeho priebehu podobnú úlohu, ako v Čechách Charta 77.
Ján Budaj bol od vydania B/n vyšetrovaný nielen ŠtB, ale aj mestskou prokuratúrou. Proti Jánovi Budajovi osobne a proti iniciatíve B/n viedla KSS aj verejnú ohováračskú kampaň. Na podporu iniciatívy B/n prebehla podpisovka a vznikla vlna „nahlasov“ aj v iných mestách vtedajšej ČSSR (napr. v Brne).
V novembri roku 1989 bol Ján Budaj najprv koordinátorom, neskôr (od januára 1990) predsedom hnutia Verejnosť proti násiliu. Hnutie VPN v tomto období vyslovilo ako prvé v ČSSR zásadné požiadavky, (napr. zrušenie komunistického monopolu moci) a dosiahlo splnenie svojho programu obnovy občianskych práv a slobôd. Stalo sa tak vďaka masovej podore občanov, ktorých VPN získalo pre program obnovy demokracie a európskej orientácie Slovenska.
V období zásadných politických zmien (od novembra 1989 do prvých slobodných volieb) Ján Budaj viedol VPN, bol poslancom a prvým podpredsedom SNR. V SNR inicioval založenie Výboru SNR pre životné prostredie, ktorý viedol. Ako predseda hnutia VPN presadzoval, aby plnilo svoj volebný program, vrátane jeho národného piliera. V tejto otázke sa dostal do sporu s časťou vedenia VPN, ktorá ho po lustráciách vo vedení VPN nahradila.
Ján Budaj viedol VPN do volieb 1990 (ako čelný kandidát a predseda Rady VPN), v ktorých toto hnutie zvíťazilo. V priebehu posledného dňa volieb však Ján Budaj odstúpil z kandidátky, pretože z Federálneho ministerstva vnútra prišla v tomto období informácia, že jeho meno je v evidenčných knihách spolupracovníkov ŠtB.
ŠtB zaevidovala Jána Budaja ako sledovanú osobu už v roku 1971, a opäť ako sledovanú osobu v roku 1979. V roku 1981 bol zaradený do kategórie NO (nepriateľská osoba), opätovne bol ŠtB evidovaný v kategórii NO počas leta 1989.
V tomto celkovo 18. ročnom období ho ŠtB na dobu 2 rokov (1979 – 1981) preevidovala z kategórie sledovanej osoby do kategórie „tajný spolupracovník“. Dokumenty (zväzok) týkajúci sa tejto evidencie ŠtB zrejme zničila (podobne ako záznamy z výsluchov J.Budaja, z odpočúvania bytu a pod.), pretože sa nenachádzajú v archíve ÚPN.
Až v roku 2007 sa v archívoch ÚPN našla oficiálna „Správa ŠtB o činnosti za rok 1980“, kde sa konštatuje, že tajný spolupracovník, vedený pod menom J. Budaja, s ŠtB nespolupracoval ale konal proti režimu.
V rokoch 1991 – 1993 bol Ján Budaj nezávislým publicistom a vydavateľom. Vydával periodiká, ktoré kritizovali nástup Mečiarovej vlády po roku 1992 (napr. denník Meridian). Produkoval tiež televízne programy (napr. s J. Filipom „Halušky“). Počas rozpadu VPN nevstúpil ani do jednej z nástupníckych strán.
Počas štátoprávnej krízy ČSFR bol kritikom chýb slovenských vyjednávačov a neochoty českej strany priznať Slovensku požadované kompetencie a právo na ústavu republiky. V roku 1991 sa stal spoluzakladateľom a hovorcom „Iniciatívy za zvrchované Slovensko“ (spolu s M. Kňažkom, R. Kaliským, M. Kováčom a ďalšími).
Potom, čo sa po vytvorení samostatného štátu (1993) začal zápas o podobu jeho režimu, založil Ján Budaj spolu s Milanom Kňažkom prvú liberálnodemokraticky orientovanú stranu na Slovensku (marec 1993). V roku 1994 sa DÚ stala parlamentnou stranou. Ján Budaj v nej pôsobil ako podpredseda pre program, resp. pre oblasť komunikácie s verejnosťou. Bol autorom politického programu DÚ s názvom „Občan na prvom mieste“, z ktorého vzišiel v roku 1998 aj volebný program SDK s názvom „Šanca na zmenu“.
V období 1994 – 1998 bol Ján Budaj členom petičných výborov za priamu voľbu prezidenta a za vstup SR do NATO, rovnako i členom pracovného výboru pre prípravu demokratickej koalície, SDK. Organizoval mítingy za ochranu médií, za ochranu kultúry a mítingy proti zrušeniu referenda o priamej voľbe prezidenta a NATO. Bol členom rozhodujúcich orgánov SDK a členom vedenia SDK.
V roku 1998 uspela SDK vo voľbách a zostavila vládu. Ján Budaj bol po svojom zvolení do NR SR, kde vznikol nový výbor pre kultúru a médiá, ktorý v rokoch 1998 – 2002 Ján Budaj riadil.
V septembri 2000 Ján Budaj obnovil liberálnodemokratickú stranu. V komunálnych voľbách 2006 bol Ján Budaj zvolený za poslanca Mestského zastupiteľstva Bratislavy.
Ako poslanec sa dosiaľ venuje, okrem priebežných tém najmä: obnove komunistami zbúraného bratislavského Podhradia, ochrane historicky cenného kina Mladosť, obnove D.P.O.H. a energetickej koncepcii Bratislavy. Spolupracuje pri tom s občianskymi iniciatívami a nasledovníkmi niekdajších ochranárov.
Ako poslanec MZ pôsobí aj ako člen komisie MZ pre životné prostredie, komisie mandátovej a legislatívno právnej komisie. Je predsedom mimoparlamentnej strany, Demokratickej únie Slovenska (DÚ).
Momentálne ako člen OĽaNO pôsobí ako Minister životného prostredia
Matúš Vallo, primátor Hlavného mesta SR Bratislavy, predstúpil dnes pred novinárov a spolu so starostami takmer všetkých mestských častí oznámil, že v Bratislave budú…